Trong tuần đầu tiên sau khi sạ, giữ mực nước ruộng từ bão hòa đến cao khoảng 1 cm. Mức nước trong ruộng sẽ được giữ cao khoảng 1 - 3 cm theo giai đoạn phát triển của cây lúa và giữ liên tục cho đến bón phân lần hai (khoảng 20 - 25 ngày sau khi sạ), giai đoạn này nước là nhu cầu thiết yếu để cây lúa phát triển. Giữ nước trong ruộng ở giai đoạn này hạn chế sự mọc mầm của các loài cỏ (có nước làm môi trường thành yếm khí, hạt cỏ sẽ không mọc được). Cần sử dụng thuốc trừ cỏ phù hợp trong giai đoạn này.
>>> Xem thêm: Kỳ vọng trồng lúa sạch
Giai đoạn từ 25 - 40 ngày sau khi sạ là giai đoạn lúa đẻ nhánh rộ và tối đa, phần lớn chồi vô hiệu thường phát triển trong giai đoạn này nên chỉ cần nước vừa đủ. Giữ mực nước trong ruộng từ bằng mặt đất đến thấp hơn mặt đất 15 cm (đặt ống nhựa có đục lỗ bên hông, bên trong có chia vạch 5 cm để theo dõi). Khi nước xuống thấp hơn vạch 15 cm thì bơm nước vào ngập tối đa 5 cm so với mặt đất ruộng. Khi nước hạ từ từ dưới vạch 15 cm thì bơm nước vào tiếp. Cách điều tiết nước này sẽ làm phơi lộ mặt ruộng vì vậy được gọi là tưới “ướt khô xen kẽ”.
Mực nước dưới mặt đất càng xa (nhưng không thấp hơn 15 cm so với mặt đất) sẽ giúp rễ lúa ăn sâu vào trong đất, chống đổ ngã và dễ thu hoạch.
Ở giai đoạn lúa 25 - 40 ngày, lá lúa phát triển giáp tán, hạt cỏ có nảy mầm cũng không phát triển và cạnh tranh với cây lúa. Ðây cũng là giai đoạn cây lúa rất dễ bị bệnh khô vằn tấn công, mực nước không cao làm hạch nấm khô vằn sẽ không phát tán trong ruộng, bệnh ít lây lan.
Giai đoạn lúa 40 - 45 ngày sau sạ, đây là giai đoạn bón phân lần 3 (bón thúc đòng hay bón đón đòng). Lúc này cần bơm nước vào khoảng 1 - 3 cm trước khi bón phân nhằm tránh ánh sáng làm phân hủy và phân bị bốc hơi, đặc biệt là phân đạm.
Giai đoạn lúa từ 60 - 70 ngày sau sạ, đây là giai đoạn lúa trỗ nên cần giữ mực nước trong ruộng cao 3 - 5 cm liên tục trong khoảng 10 ngày để đủ nước cho cây lúa trỗ và thụ phấn dễ dàng, hạt lúa không bị lép, lửng.
Cây lúa 70 ngày đến thu hoạch là giai đoạn lúa ngậm sữa, chắc và chín nên chỉ cần giữ mực nước từ bằng mặt đất đến thấp hơn mặt đất 15 cm (khi cần thiết thì bơm nước vào thêm). Lưu ý phải “xiết” nước 10 ngày trước khi thu hoạch để mặt ruộng được khô ráo, dễ áp dụng bằng máy gặt.